پس از شهادت شهید رجایی و شهید باهنر در 8 شهریور 1360، به پیشنهاد تعدادی از اعضای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و اجازه حضرت امام، آیت الله خامنه‌ای از طرف روحانیت و سایر نهادهای انقلابی نامزد ریاست جمهوری گردید و با رأی عظیم و بی نظیر مردم، به عنوان سومین رییس جمهوری اسلامی ایران انتخاب شدند. همچنین ایشان در سال 1364 و برای دومین بار به دلیل لیاقت و کاردانی، به دستور حضرت امام، کاندیدای ریاست جمهوری شد و با رأی قاطع مردم به این پست برگزیده شدند. مقام معظم رهبری در طول ریاست جمهوری خویش به کشورهایی چون سوریه، لیبی، پاکستان، هند، چین، الجزایر، زیمبابوه، رومانی، کره شمالی و آمریکا برای ایراد نطق تاریخی خویش در اجلاس مجمع عمومی سازمان ملل متحد سفر کرده و پیام رسان انقلاب اسلامی بودند. در نهایت حضرت آیت الله خامنه‌ای در سال آخر ریاست جمهوری، پس از ارتحال حضرت امام خمینی، از طرف مجلس خبرگان رهبری، به رهبری نظام اسلامی انتخاب شدند.