در حالی که جمهوری اسلامی ایران درگیر جنگی نابرابر بود و تمام توان و نیروی عناصر انقلابی در مسئله جنگ مصروف می‌شد، اختلافات بین رییس جمهوری و مجلس، اوضاع داخلی را آشفته می‌کرد. سرانجام کارشکنی‌های بنی صدر و اختلاف آفرینی او کار را به جایی رسانید که بنا به توصیه حضرت امام خمینی ره، مجلس شورای اسلامی مسئله عدم کفایت سیاسی او را به بحث گذاشت و آن را تصویب کرد. پس از عزل بنی صدر از مسند ریاست جمهوری که قبل از آن، حضرت امام نیز منصب فرماندهی کل قوا را که به او تفویض کرده بودند از وی باز ستاندند، کشور در حالی مهیای دومین انتخابات ریاست جمهوری می‌شد که اثر تلخ این حادثه هنوز هم در کام یاران انقلاب وجود داشت.
در این انتخابات، زمینه‌ای فراهم شد تا لیاقت کاردانی و تعهد شهید رجایی بیشتر از قبل آشکار شود. در نهایت در تاریخ دوم مرداد 1360 ش، انتخابات ریاست جمهوری و مجلس شورای اسلامی برگزار شد که از مجموع چهارده میلیون و هفتصد و بیست و دو هزار رأی مأخوذه، برادر محمدعلی رجایی در حدود سیزده میلیون رأی را به دست آورد و به عنوان دومین رییس جمهوری اسلامی ایران انتخاب شد. این شهید والامقام در حالی این پست خطیر را بر عهده گرفت که به تازگی، بنی صدر مخلوع از ایران فراری شده و ایران پس از حادثه هفتم تیر 1360، دورانی ویژه را می‌گذارند. حکم ریاست جمهوری محمدعلی رجایی در تاریخ یازدهم مرداد 1360 توسط حضرت امام تنفیذ شد و ایشان تا زمان شهادت به مدت کمتر از یک ماه، در این پست خدمت کرد.