به دنبال استعفای دولت موقت به دلیل تسخیر لانه جاسوسی آمریکا در تهران توسط دانشجویان پیرو خط امام، شورای انقلاب به دستور حضرت امام خمینی ره، مدیریت اجرایی کشور را بر عهده گرفت و پس از چندی اولین انتخابات ریاست جمهوری در پنجم بهمن 1358 ش برگزار گردید. در این انتخابات ابوالحسن بنی صدر که پس از اقامت پانزده ساله در فرانسه به ایران بازگشته و با تظاهر به وفاداری به انقلاب، نظام، مردم و رهبری توانسته بود به پست‌های حساسی دست یابد با کسب 76 درصد آرا به ریاست جمهوری برگزیده شد.
عناوین اولین رییس جمهور ایران و فرمانده کل نیروهای مسلح و... سبب شد که به زودی هویت اصلی خود را نشان داده و با تکیه بر قدرتی که از مردم برای خدمت به آنان به دست آورده بود، خود را محور نظام نامیده و به سرکوبی و وارد آوردن اتهام به مخالفانش مشغول گردد. این روند، مخالفت نیروهای انقلابی و ارزشی نظام را برانگیخت و پس از مدتی و علی رغم آغاز جنگ تحمیلی، این کشمکش‌ها حتی با وساطت حضرت امام نیز پایان نیافت. طرفداران بنی صدر در این مدت بارها جوّ اغتشاش و نا امنی را در کشور به راه انداخته و سعی در خارج کردن مخالفان از صحنه و کسب قدرت بیشتر بودند.
همسویی و همکاری بنی صدر با گروه منافقین موسوم به سازمان مجاهدین خلق، دامن زدن به تشنجات و درگیری‌ها در کشور، کوتاهی در دفاع از مرزهای ایران و عدم ممانعت از تجاوز رژیم بعث عراق در جریان جنگ تحمیلی، در نهایت باعث شد تا طرح عدم کفایت سیاسی بنی صدر در مجلس شورای اسلامی مورد بحث قرار گرفته و به تصویب رسد. این در حالی بود که حضرت امام، در بیستم خرداد 1360، وی را از فرماندهی کل قوا که از جانب ولی فقیه به رییس جمهور تفویض شده بود، خلع نمودند.
سرانجام و با رأی عدم کفایت سیاسی بنی صدر در مجلس، حضرت امام، این عنصر توطئه گر و فریب کار را در اول تیرماه 1360 از ریاست جمهوری عزل کردند. از این زمان اتحاد بیشتر بنی صدر و گروه منافقین باعث به شهادت رساندن تعداد زیادی از مسئولان عالی رتبه نظام گردید، تا این که وی به همراه سرکرده مجاهدین خلق در هفتم مرداد 1360 با چهره‌ای مبدل و زنانه از کشور گریخت و مقیم فرانسه شد. پس از فرار مفتضحانه بنی صدر، مردم انقلابی و مسلمان ایران با حضور در پای صندوق‌های رأی، برادر محمد علی رجایی را با آراء قاطع خود به ریاست جهموری انتخاب کرده و بر حضور خود فروختگان و خودباختگان در مسؤولیت‌های بالای نظام خاتمه دادند.