مهم‌ترین واقعه پس از ورود امام خمینی ره به ایران، انتخاب مهندس مهدی بازرگان به عنوان رییس دولت موقت بود. در پی جلسه اعضای شورای انقلاب، به پیشنهاد اعضا و موافقت حضرت امام، مهندس مهدی بازرگان، رهبر ملی گرایان و نهضت آزادی، به ریاست دولت موقت انقلاب اسلامی انتخاب شد و مأمور تشکیل کابینه گردید. امام در حکم انتصاب مهندس بازرگان، تصریح نمودند که اعضای دولت موقت بدون در نظر گرفتن وابستگی حزبی و بر اساس صلاحیت و کفایت و توانایی برای اداره امور انقلاب انتخاب شوند. ولی بازرگان برخلاف تأکید امام، همه وزرای کابینه را از میان لیبرال‌ها و ملی گرایان برگزید و جملگی از اعضای نهضت آزادی ایران و جبهه ملی بودند.
سیاست هیئت دولت موقت در طول نه ماه کار خود، در چندین مسئله از قبیل: تأکید بر کلمه جمهوری اسلامی، مجلس خبرگان قانون اساسی، پاک سازی عناصر فاسد و طاغوتی و جایگزینی افراد صالح و نیز برخورد با ضد انقلاب، سلطنت طلب و تجزیه طلب‌ها و برخی موارد سیاست خارجی، با رهنمودهای حضرت امام خمینی منافات داشت. تا این که دولت موقت در پانزدهم آبان 1358، پس از تسخیر لانه جاسوسی آمریکا در تهران، به صورت دسته جمعی استعفا دادند و زمینه برای انتخابات ریاست جمهوری مهیا گردید. حضرت امام مدت‌ها پس از استعفای بازرگان چندین بار در سخنرانی‌های خود گفتند: انتخاب بازرگان اشتباه بود و من قلبا راضی به این امر نبودم.