پس از مدت‌ها اختلاف بین مسئولان انقلابی نظام اسلامی و بنی صدر، رییس جمهور خائن و طرفداران او، همچنین سوء مدیریت در جنگ و نیز موضع گیری علیه اهداف نظام اسلامی، حضرت امام خمینی ره در 20 خرداد 1360، پس از مشورت با مسئولان عالی رتبه نظام، وی را از فرماندهی کل قوا، که به نیابت از ولی فقیه در اختیار او بود، بر کنار نمودند. این عمل حضرت امام، واکنش منفی بنی صدر را برانگیخت و به جای آن که در صدد اصلاح خود و پایان دادن به کارشکنی‌ها و مخالفت‌های خود باشد، به حکم امام بی اعتنایی نمود که این امر بر نمایندگان انقلابی مجلس شورای اسلامی گران آمد.
از این رو در 24 خرداد، درخواست طرح عدم کفایت سیاسی او را در مجلس عنوان نمودند. در این میان هر چند برخی نمایندگانِ هوادار بنی صدر و طرفداران او در خارج از مجلس، بر عدم طرح این مسئله در مجلس تلاش کردند ولی در نهایت، نمایندگان پیرو امام خمینی و نظام اسلامی در مجلس شورای اسلامی در 31 خرداد 1360 رأی به عدم کفایت سیاسی بنی صدر داده و این حکم را به حضرت امام ارسال داشتند. فردای آن روز در اول تیرماه، حضرت امام خمینی ره، طی پیامی این مهره دست نشانده اجانب را از ریاست جمهوری عزل کردند.
ایشان در آن پیام فرمودند: «پس از رأی اکثریت قاطع نمایندگان مجلس به عدم کفایت سیاسی بنی صدر، ایشان را از ریاست جمهوری عزل نمودم.» بنی صدر که از بازداشت و محاکمه خود هراسان بود، پس از پنج هفته اختفاء، با لباس و آرایش زنانه و با هماهنگی عوامل مزدور خویش و با ربودن یک هواپیمای متعلق به جمهوری اسلامی ایران، با کوله باری از خیانت به ملت، در 7 مرداد 1360 از ایران به فرانسه گریخت و در آنجا عملیات ضد نظام را با همکاری منافقین ادامه داد.