پس از ماه‌ها درگیری بنی صدر و هوادارانش با نیروهای ارزشی و انقلابی، طرح عدم کفایت سیاسی رییس جمهور در مجلس شورای اسلامی مطرح شد. مهم‌ترین دلیل بر عدم کفایت سیاسی بنی صدر، موضع گیری وی علیه نظام جمهوری اسلامی و اتحاد نامقدس با کلیه نیروهای ضد انقلاب وابسته به شرق و غرب جهت نابودی نظام اسلامی و همچنین مخالفت مستمر وی با مجلس شورای اسلامی از بدو تأسیس و حتی پیش از افتتاح آن، دخالت صریح در قوه قضاییه و عدم درک صحیح از بدیهی‌ترین اصول قانون اساسی و نیز عدم اعتقاد به اصل تفکیک قوا عنوان گردید. در نتیجه، این طرح با 177 رأی موافق، 1 رأی مخالف و 12 رأی ممتنع به تصویب رسید و یک روز پس از تصویب طرح عدم کفایت سیاسی بنی صدر، حضرت امام خمینی ره، وی را از ریاست جمهوری اسلامی ایران نیز عزل کردند. این در حالی بود که حضرت امام، پیش از این وی را در بیستم خرداد 1360، از فرماندهی کل قوا نیز عزل کرده بودند.
پس از برکناری بنی صدر از ریاست جمهوری، فعالیت‌های خرابکارانه و براندازانه بر ضد حکومت و دولت آغاز شد که عمدتاً از طرف منافقین موسوم به سازمان مجاهدین خلق سازماندهی می‌گردید. از جمله در هفتم تیرماه 1360، دفتر حزب جمهوری اسلامی منفجر شد و طی آن، آیت الله بهشتی و شماری از وزرا و نمایندگان مجلس شورای اسلامی به شهادت رسیدند. همچنین در هشتم شهریور 1360، دفتر نخست وزیری منفجر شد و در آن، محمدعلی رجایی، رییس جمهور و دکتر محمد جواد باهنر، نخست وزیر و تعدادی از شخصیت‌ها شربت شهادت نوشیدند. این وقایع می‌توانست به سادگی منجر به سقوط یک نظام سیاسی شود، اما بازتاب آن در مردم، نتیجه معکوس داشت چرا که با سخنرانی‌ها و پیام‌های امام خمینی رحمه الله که به نحو هوشمندانه‌ای به مردم امید می‌دادند، آنان را انسجام می‌بخشیدند و گروه‌های سیاسی ضدِ نظام را بی اعتبار می‌ساختند، اثری وصف ناشدنی در ملت مسلمان برای مقاومت بیشتر ایجاد می‌کرد. از این جهت بود که نظام اسلامی از این دوران پرخطر و پرآشوب با توکل بر خدا، رهبری‌های حضرت امام و مقاومت و پایدار مردم گذشت و به مسیر خود ادامه داد.