آیت الله سیدمصطفی بن سیدحسین مجتهد کاشانی نجفی در حدود سال 1230 شمسی 1267 قمری در کاشان به دنیا آمد. وی پس از گذراندن مقدمات ابتدایی، در حوزه درس پدرش قرار گرفت و فقه و اصول و معقول و منقول و ریاضیات را فرا گرفت. سیدمصطفی کاشانی سپس راهی اصفهان شد و از محضر عالم بزرگ، شیخ محمدتقی رازی تهرانی اصفهانی معروف به صاحب حاشیه معالم بهره گرفت تا به درجه رفیع اجتهاد رسید. وی در بیست و پنج سالگی در حالی که جامع علوم و ماهر در فقه، اصول، تفسیر و حکمت و ریاضی بود راهی تهران گردید و پس از فوت پدر عالمش، چندین سال ریاست علمی و مرجعیت مذهبی مردم را بر عهده گرفت.
آیت الله سید مصطفی کاشانی در سال 1274 شمسی، پس از سفر حج، ساکن نجف اشرف شد و با ایجاد حوزه درسی خویش، در شمار علمای بزرگ آن سامان قرار گرفت. این عالم مجاهد در جریان اشغال عراق توسط انگلستان در بحبوحه جنگ جهانی اول، به همراه علمای بزرگ دیگر، قیام مردمی ضد استعمار انگلیس را اداره و رهبری کرد و در این راه، جانفشانی های فراوانی از خود نشان داد. این عالم سترگ از آن پس ساکن کاظمین گردید و تا پایان عمر در آن شهر مسکن گزید.
آیت الله سید مصطفی کاشانی سرانجام پس از عمری سرشار از خدمت علمی و مجاهده، در 25 خرداد 1298 شمسی برابر با اواسط رمضان 1337 قمری در 68 سالگی در کاظمین بدرود حیات گفت و در همان جا به خاک سپرده شد. لازم به ذکر است که عالم مجاهد و فقیه بزرگ آیت الله سید ابوالقاسم کاشانی، رهبر مذهبی نهضت ملی شدن صنعت نفت ایران و مبارز دوران ستم شاهی، فرزند ایشان می‌باشد.