آیت الله حاج سیدمحمدتقی خوانساری فرزند آقا اسدالله در سال 1267 شمسی رمضان سال 1305 قمری در خوانسار و در خانواده‌ای که به علم و فضل و ادب اشتهار داشت پا به عرصه وجود نهاد. وی پس از تحصیلات ابتدایی، در سن 17 سالگی جهت فراگیری علوم اسلامی رهسپار نجف اشرف گردید. آیت الله خوانساری در این حوزه، پس از طی مراحل سطوح، به محضر درس آخوند ملامحمدکاظم خراسانی، سیدمحمدکاظم یزدی، میرزای نایینی و آقا ضیاءالدین عراقی راه یافت و در حلقه شاگردان آن بزرگواران به مدارج والای علمی و اخلاقی دست یافت. ایشان در جنگ جهانی اول همگام با میرزا محمدتقی شیرازی و سیدابوالقاسم کاشانی در جنگ با استعمار بریتانیا شرکت نمود و همچون رزمنده‌ای کارآزموده و شجاع با دشمن جنگید.
آیت الله خوانساری پس از سقوط عراق، دستگیر و به هند و چین تبعید گردید و چهار سال در اسارت و تبعید به سر برد. پس از بازگشت به وطن، بنا به پیشنهاد حاج شیخ عبدالکریم حائری یزدی، مؤسس حوزه علمیه قم، به شهر قم آمده و ایشان را یاری نمود. این عالم ربانی در طول عمر پرافتخار خویش دست به اقداماتی زد که معروفترین آنها اقامه نماز سیاسی ـ عبادی جمعه بود که چندین سال برگزار می‌گردید. هم چنین اقامه نماز استسقاء در سال 1363 قمری به امامت ایشان و با حضور انبوه مردم قم برگزار شد و با بارش باران رحمت، مردم از بلای خشکسالی نجات یافتند.
آیت الله سیدمحمدتقی خوانساری، پس از ارتحال آیت الله شیخ عبدالکریم حائری یزدی، به همراه حضرات آیات، سید صدرالدین صدر و سید محمد حجت کوه کمره ای ریاست مذهبی و مرجعیت و مدیریت حوزه علمیه قم را به عهده گرفته و نقش خود را به خوبی ایفاء نمود. از آیت الله خوانساری در دوران خفقان بار پهلوی فتواهای سرنوشت سازی صادر شده است که فتوای ضروری بودن حجاب پس از اعلام کشف حجاب توسط رضاخان، فتوای کمک به فلسطینیان و جنگ با صهیونیسم و نیز فتوای ملی شدن صنعت نفت از آن جمله‌اند. سرانجام این عارف وارسته و فقیه پرهیزگار در هفتم شهریور 1331 شمسی برابر با هفتم ذی حجه 1371 قمری در 64 سالگی در شهر همدان دار فانی را وداع گفت و پس از تشییعی با شکوه در حرم مطهر حضرت معصومه س در کنار آیت الله حائری یزدی به خاک سپرده شد.