پروفسور پارسا در فاصله سالهای 1321 تا 1329 شمسی نخستین فلور مستقل ایران را به نام فلور «دولیران» به زبان فرانسه تألیف کرد که در 5 جلد و بیش از 7000 صفحه از سوی وزارت فرهنگ آن زمان منتشر شد. كار تألیف فلور ایران با امکانات آن زمان، کاری بسیار بزرگ و سخت بود، اما دکتر پارسا، آن را با صبر و حوصله و تحمل مشقت‌های بسیار به پایان رساند. تألیف این فلور در حالی انجام شد که فلور بسیاری از کشورهای ما را خارجی‌ها می‌نوشتند. حتی پیش از آن نیز، اتریشی‌ها و آلمانی‌ها، فلور ایران را جمع آوری می‌کردند.گونه‌های گیاهی ایران، گاه از طریق تاجران اروپایی به این کشورها منتقل می‌شد و بعد، از موزه‌های این کشورها سر درمی آورد و پروفسور پارسا در آن شرایط حس می‌کرد که باید کاری کند. شاگردان استاد معتقدند که وی، زمانی به تنهایی به این کار پرداخت که نه در دانشگاه تهران (تنها دانشگاه نوبنیاد آن زمان) و نه در هیچ جای ایران، هرباریوم، کتابخانه تخصصی، امکانات پژوهشی و همکاران علمی متخصص برای این کار نبود.
پروفسور پارسا برای انجام تحقیقات خود، به‌ناچار از منابع و نوشته‌های گیاه شناختی خارجی به ویژه «فلورا ارینتالیس بواسیه» و مجموعه‌های گرد آورنده دانشمندان و جهانگردان اروپایی بهره گرفت و برای این کار، سال‌ها تلاش کرد. وي به مطالعه و تحقیق منابع خارجی اکتفا نکرد بلکه به تنهایی و یا به کمک دانشجویان و همکاران ایرانی خود، به گرد آوری نمونه‌های جدیدی از فلور ایران پرداخت. پروفسور پارسا در بررسی‌های خود در خارج و داخل کشور توانست، ترادف گیاه شناختی بسیاری از گونه‌های گیاهی را نشان دهد و از تکرار آن، جلوگیری کند. چرا که نمونه‌های گیاهان ایران را گیاهشناسان و پژوهشگران اروپایی در مدت حدود دو قرن و نیم از نواحی مختلف گرد آورده و بی توجه به کارهای دیگران مستقلاً بررسی و نامگذاری کرده بودند و از این رو نامهای علمی مترادف بسیاری در نوشته‌های گیاه شناختی اروپاییان بود که گمراه کننده بود.
«دکتر احمد قهرمان» استاد دانشگاه تهران و از شاگردان پروفسور پارسا در این باره می‌گوید: «اگر به عصری که استاد پارسا کارهای تحقیقاتی علمی و پایه‌ای را برای تألیف فلور در ایران شروع کرد، توجه کنیم، می‌بینیم که آغاز این کار بزرگ با چه دشواری‌ها و مشکلاتی روبه رو بود و نگارش آن تا چه اندازه به صبر، حوصله، پشتکار، خستگی ناپذیری و تحمل نیاز داشت. با توجه به وسعت کار و این واقعیت که فلورهای کشورهای هم‌جوار ایران مثل ترکیه و عراق را دانشمندان خارجی تدوین کرده‌اند، تألیف فلور ایران از کارهای شاخص علمی در قرن 19 میلادی است.» پروفسور پارسا برای انجام این کار، تمامی گیاهان و رستنی‌های ایران را جمع آوری و کدگذاری کرد و نخستین مرحله پژوهشی خود را پس از اخذ دکترای گیاهشناسی و بازگشت به ایران به جمع آوری نمونه‌های گیاهی زادگاهش «تفرش» اختصاص داد و پس از آن، نمونه‌های دیگر نقاط ایران را نیز جمع آوری کرد.
پروفسور «قدرت الله پارسا» از خویشاوندان و دوستان نزدیک استاد می‌گوید: «خوب به یاد دارم در سالهای1327 که من، دوره دبیرستان را می‌گذراندم، تابستان‌ها ایشان به تفرش می‌آمد و سرگرم نمونه برداری و تحقیق از گیاهان کوههای آن منطقه می‌شد و روزانه بیش از ده ساعت به نوشتن کتابهای گیاهشناسی به زبان فرانسه می‌پرداخت و مرتباً نوشته‌های آماده شده را برای چاپ مجموعه کتاب «فلور ایران» به تهران و وزارت فرهنگ آن زمان می‌فرستاد.» وی، علاوه بر این پژوهش به بررسی فلور کشورهای دیگر نیز پرداخت و سپس نمونه‌های منحصر به فردی از فلور ایران را ضمن تحقیقات خود، بررسی کرد که بعدها در 5 جلد متمم فلور مذکور شدند.
پروفسور پارسا در اواخر عمر خود مجدداً در فلور گیاهی ایران تجدید نظر کرد و سپس نسخه جدیدی از آن را با کمک «دکتر زین العابدین ملکی» (یکی از شاگردان خود) تهیه و ترجمه کرد که چاپ آن در 11 جلد پیش بینی شده است و تاکنون جلد اول و دوم آن (به ترتیب در سال 1358 و 1363) از سوی وزارت فرهنگ و آموزش عالی به چاپ رسیده است. پروفسور قدرت الله پارسا می‌گوید: «فلورهای تألیفی استاد از کارهای عالی او در سطوح بین المللی است که زینت بخش تمام دانشگاههای اروپایی و آمریکایی است. وقتی در سال 1350 در پاریس مشغول تحصیل بودم، به اتفاق پروفسور احمد پارسا به دانشکده علوم و موزه گیاهان دانشگاه پاریس رفتیم و رئیس دانشکده از استاد بسیار استقبال و تجلیل کرد و کتابهای مفصل او را در کتابخانه آن دانشکده نشان داد و اظهار داشت که این کتاب‌ها از کامل‌ترین و بهترین کتاب‌هایی است که استادان و دانشجویان به عنوان مرجع استفاده می‌کنند.» ساير تألیفات استاد پارسا دارای مقالات بسیاری در مورد فلور ایران در مجلات بین المللی به خصوص در نشریه علمی گیاه شناسی «کیو» لندن است.
از تألیفات استاد به زبان فارسی نیز می‌توان دو جلد کتاب گیاهان شمال ایران (سال 1318، شرکت چاپخانه ارژنگ تهران)، کتاب دارونامه (1325، انتشارات وزارت فرهنگ سابق)، کتاب اندام شناسی گیاهان (سال 1331، انتشارات وزارت فرهنگ سابق)، 3 جلد کتاب تیره شناسی یا تاگزونومی گیاهان آوندی (سال 1334، انتشارات دانشگاه تهران) و... را نام برد. موزه علوم طبیعی ایران از تأسیس تا فراموشی پروفسور احمد پارسا، پس از اخذ دکترای گیاه شناسی و علوم طبیعی در فرانسه، به ایران بازگشت. وی در سالهای نخست مراجعت، به تنهایی و در سال 1316 که در مقام استاد گیاهشناسی دانشکده علوم و دانشسرای عالی دانشگاه تهران قرار گرفت، به اتفاق برخی شاگردان خود به گرد آوری گیاهان ایران پرداخت.
در سال 1324 موزه علوم طبیعی را با بودجه وزارت فرهنگ آن زمان که تأمین کننده بودجه دانشگاه تهران نیز بود، در قسمتی از ساختمان بزرگ دبستان حکیم نظامی سابق (واقع در مقابل موزه ایران باستان) تأسیس کرد و گیاهان گردآوری شده را به منظور تأسیس «هربیه ملی» به آن موزه انتقال داد و به این ترتیب «هرباریوم موزه علوم طبیعی ایران» را بنیان نهاد. در سال 1333 وزارت فرهنگ به علت تفکیک بودجه‌اش از بودجه دانشگاه، بودجه این موزه را قطع و نیاز خود را به محل آن اعلام کرد و هرباریوم و اشیای موزه به ناچار به ساختمان دانشکده علوم دانشگاه تهران منتقل شد.
با مأموریت دکتر پارسا در سال 1335 به آمریکا، سرپرستی موزه به «دکتر علی زرگری» واگذار شد و سپس در همان سال، با تأسیس «مؤسسه مطالعات مناطق خشک» در دانشگاه تهران، گیاهان این موزه به این مؤسسه منتقل شد که متأسفانه از آن سنگ‌ها و فسیل‌ها دیگر اطلاعی در دست نیست و به این ترتیب، نام «هرباریوم موزه علوم طبیعی» از میان رفت. دكتر زرگری مسئولیت هرباریوم مؤسسه مطالعات مناطق خشک را تا سال 1340 به عهده داشت. با انحلال این مؤسسه، گیاهان هرباریوم آن به دانشسرای عالی انتقال یافت و پس از آن «دکتر گل گلاب» این نمونه‌ها را به دانشکده داروسازی انتقال داد.
«دکتر قهرمان» در این باره می‌گوید: «یادم می‌آید که با دکتر شیبانی رئیس وقت دانشگاه تهران رفتیم پیش ایشان و گفتیم که این نمونه‌ها را پس بدهند ولی کارمندهایشان را به ما دادند و در حالی که ما با تورم نیروی کار مواجه بودیم، گیاهان هنوز همان جا بود. بعد از انقلاب هم، خیلی سعی کردیم که آنها را پس بگیریم اما نشد.» به این ترتیب «هر باریوم» پروفسور پارسا که تقریباً حاوی همه گیاهان مذکور در فلور ایران بود - از جمله، نزدیک به 250 گونه جدیدی که وی از ایران برای فلور دنیا تشخیص داده و به نام خود او بود و نمونه نخست آنها در مورد گیاه شناسی «کیو» لندن هنوز به عنوان «تایپ» وجود دارد- در این دست به دست شدن‌ها از بین رفت.
پروفسور احمد پارسا در نامهای که به دکتر احمد قهرمان (10/2/1373) نوشته، آورده است: «... من از سرنوشت موزه تاریخ طبیعی خودم بسیار ناراحتم. آن کلکسیون معظم زمین شناسی (فسیل و سنگ) و جانورشناسی و گیاه شناسی چه شد؟ من از هر نمونه گیاهان ایرانی، یکی یا چند تا داشتم که در «کیو» به دقت نامگذاری کرده بودم. گویا سرنوشت همه کلکسیون‌ها را به دست و عهده چند نفر بی اطلاع و مغرض داده بودند...» پروفسور دکتر احمد پارسا در دوم خرداد سال 1376 در کالیفرنیا درگذشت.