در عهد مغول، شعبه‌ای از این خاندان در ایران دارای یک سلسله پادشاهی شد که آن را سلسله ایلخانان یعنی خان‌های محلّی می گویند. مؤسس این سلسله، هلاکوخان مغول، برادر منگوقاآن است. هلاکو در آغاز ورود به ایران، قصد براندازی فرقه اسماعیلیه را کرد و پس از تصرف قلعه‌های این گروه، رکن الدین خُوَرشاه، آخرین شاه اسماعیلی را در 655 قمری کُشت. سپس با هدف تسخیر بغداد پایتخت خلافت عباسی، راهی این شهر شد و پس از قتل عام بسیار و کشتار هزاران نفر از مردم و غارت پایتخت عباسیان، خلیفه عباسی را به قتل رساند. با قتل المستعصم بالله، در ماه صفر 656 قمری، دولت پانصد ساله بنی عباس نیز منقرض گشت. از آن پس، شام را تصرف نمود و ولایات آن را غارت کرد. در نهایت، در حالی که هلاکو قصد داشت بر مصر بتازد و شکست سردار خود را در این کشور جبران کند، در آذربایجان به دیار نیستی رفت و در 48 سالگی پس از عمری جنایت و کشتارهای وحشتناک، مُرد.