وضع بحرانی و در حال انفجار کشور که از ادامه تبعید رهبر نهضت اسلامی ایران ناشی می‌شد از یک سو، و عدم تمایل دولت ترکیه به ادامه زندانبانی خود از سوی دیگر، رژیم پهلوی را بر آن داشت که تبعیدگاه امام را تغییر دهد. از این رو، طی مذاکره سرّی با دولت عراق در قبال این تعهد که دولت ایران دخالتی در سرنوشت، آزادی و مدت اقامت امام در عراق نداشته باشد، عراقی‌ها با انتقال امام به عراق موافقت نمودند. ورود امام در 13 مهر 1344 شمسی به عراق پس از یازده ماه اقامت در ترکیه، که ابتدا به صورت ناشناس انجام گرفت، استقبال گرم و پرشور و بی سابقه‌ای را به دنبال آورد.
حضرت امام پس از یک توقف کوتاه در کاظمین، برای زیارت مرقد مطهر امام هادی (ع) و امام عسگرى (ع) رهسپار سامرا شدند و با استقبال باشکوه مردم و حوزه علمیه سامرا مواجه گردیدند. روز بعد کربلا یکپارچه برای استقبال از امام آماده شد و ایشان یک هفته بعد با استقبال بی سابقه مردم و حوزه علمیه نجف وارد این شهر شدند. هدف رژیم شاه از تغییر محل تبعید امام آن بود که با توجه به شرایط خاص و سنّتی حوزه علمیه نجف که هر تازه واردی در آن هضم می‌شد، آوازه امام را از این طریق به خاموشی بکشانند. اما حضرت امام با ادامه مبارزات خود، رهبری نهضت اسلامی را به شکلی دیگر پیگیری کرده به طوری که رژیم بغداد مجبور به ایجاد فشار علیه ایشان و فراهم آوردن زمینه‌های خروج امام از این کشور گردید.