در ادامه نهضت مشروطه، پس از آن که خواسته‌های علما و مردم در مورد تأسیس عدالت خانه و اجرای قوانین اسلام و... عملی نشد، علما تصمیم گرفتند که به قم مهاجرت نموده و در حرم حضرت معصومه س تحصن کنند. درنهایت در 24 تیر 1285 شمسی برابر با 23 جمادی‌الاول 1324، حضرات آیات سید محمدطباطبایی و سید عبدالله بهبهانی در رأس یک گروه هزار نفری به سوی قم حرکت کردند و مهاجرت کبری را شروع نمودند. همچنین شیخ فضل الله نوری، سه روز بعد با فراهم آوردن جمعیت بسیار زیاد، از تهران به قم هجرت نمود.
این مهاجرت، موجی از یک قیام در سراسر کشور ایجاد کرد و علمای بزرگ زمان از قبیل آقانجفی اصفهانی و آخوند ملاقربانعلی زنجانی از روحانیون مشهور و متنفذ اصفهان و زنجان، به این تحصن پیوسته و روحانیون سایر شهرها با تلگراف‌های متعدد، در انجام خواسته متحصنین قم پافشاری نمودند.در جایی که نهضت در اوج پیروزی قرار داشت و مظفرالدین شاه قاجار هم خواسته رهبران نهضت را پذیرفته بود، به واسطه دست‌های مرموزی که در جریان بود، اولین انحراف نهضت آشکار شد و عده‌ای از مردم، ناآگاهانه به سفارت انگلیس پناهنده شدند و در حیاط سفارت تحصن کردند.
تحصُّن بیش از بیست هزار نفر از مردم در سفارت انگلستان، هرچند در ظاهر به بهانه حفظ جان مردم صورت می‌گرفت ولی در واقع نوعی تعدّی از احکام اسلامی بود که استعمار پیر به دنبال آن بود. این انحراف بعدها تا آنجا کشیده شد که شیخ فضل الله را که خود، از رهبران مشروطه به شمار می‌رفت، به دلیل مخالفت با مشروطه غیرمشروعه، به جوخه دار سپردند. سرانجام بر اثر فشار متحصنین، مظفرالدین شاه تمامی خواسته‌های آنان را پذیرفت و در 14 مرداد 1285 شمسی، طی فرمانی، ضمن عزل عین الدوله، صدر اعظم مستبد خود، دستور برگزاری انتخابات و تشکیل مجلس شورا را صادر کرد. در نهایت علما و مردم متحصن در قم، ده روز بعد از امضای فرمان مشروطه، با احترام به تهران بازگشتند.