آیت الله سید محمد طباطبایی، در کربلا و به قولی در تبریز به دنیا آمد و در دو سالگی به ایران آورده شد. پس از گذراندن تحصیلات ابتدایی، در محضر میرزا ابوالحسن جلوه و شیخ هادی نجم آبادی، حکمت و اخلاق را فرا گرفت و سپس در عتبات به درس میرزای شیرازی راه یافت. آیت الله طباطبایی پس از واقعه تحریم تنباکو به درخواست میرزای بزرگ شیرازی راهی تهران گردید و مبارزات سیاسی خود را در راستای نهضت مشروطه وسعت بخشید. آیت الله سید محمد طباطبایی، عالم بزرگ مسلمان و از روحانیون آزادی خواه ایران و رهبران اصلی نهضت مشروطیت به شمار می‌رفت. ایشان با همکاری آیت الله سید عبدالله بهبهانی یکی دیگر از رهبران روحانی نهضت مشروطه، در راه مبارزه با استبداد قاجاریه، کوشش و مجاهدت بسیار کرد.
هنگامی که عین الدوله، صدر اعظم مظفرالدین شاه قاجار، آزادی خواهان را به سختی تحت فشار قرار داد و علاءالدوله حاکم تهران، چند تن از بازرگانان را به چوب بست، این دو روحانی والامقام، به همراه عده کثیری از مردم به حرم حضرت عبدالعظیم در ری پناهنده شده و در حرم آن حضرت تحصُّن کردند. این تحصُّن زمینه انقلاب مشروطه را فراهم آورد. اما پس از به توپ بستن مجلس توسط محمدعلی شاه قاجار، آیت الله سید عبدالله بهبهانی تبعید شد و آیت الله طباطبایی در منزل خود، تحت نظر قرار گرفت. سید محمد طباطبایی، در عین مجاهدت در راه خدا و آزادی مردم مسلمان ایران، دانشمندی آگاه و مطلع از اصول و مبانی احکام اسلامی بود و برای گسترش علوم و معارف دینی، به تربیت شاگردان برجسته، اهتمام بسیار ورزید. این شخصیت برجسته دینی و سیاسی، سرانجام پس از رنج فراوانی که در قیام مشروطه و پس از آن تحمل نمود، در حدود سال 1339 قمری 1299 شمسی در 81 سالگی درگذشت و در حرم حضرت عبدالعظیم در ری مدفون شد.