آیت الله سیدمحمد بهبهانی، در سال 1250 شمسی در بیت علم و تقوا و مجاهدت در تهران به دنیا آمد. پدرش، سیدعبداللّه بهبهانی، یکی از دو زعیم روحانی انقلاب مشروطیت بود. وی پس از انجام تحصیلات مقدماتی و سطح به نجف اشرف عزیمت نمود و دوره عالی فقه و اصول را به پایان رساند و اجازه اجتهاد گرفت. سید محمد پس از بازگشت به ایران و اشتغال به تدریس در حوزه علمیه تهران، در کنار پدرش برای حکومت قانون و تشکیل مجلس، فعالیت زیادی نمود به طوری که در زمره آزادی خواهان تندرو قرار گرفت. پس از شهادت پدرش، سیدمحمد ریاست حوزه علمیه تهران را عهده دار شد و از آن پس، سالیان طولانی این وظیفه را انجام داد. وی در دوره دوم از طرف مردم نماینده مجلس شورای ملی شد و جزء پنج نفر از علمای طراز اول مجلس دوم قرار گرفت ولی در دوره‌های بعد وارد مجلس نگردید.
آیت الله محمد بهبهانی به تدریج در تهران به مقام مرجعیت رسید و نزدیک به چهل سال از اعاظم روحانیون و مجتهدین تهران به شمار می‌رفت. سید محمد بهبهانی در جریان همه پرسی اصول شش‌گانه شاه و انقلاب سفید، مخالفت خود را با این برنامه اعلام کرد و به مقابله با دربار پرداخت. وی در این راه متحمل سختی‌هایی گردید و مورد غضب دربار واقع شد. ایشان از علمای با نفوذ تهران بود که با دربار و رجال سیاسی روز مراوده داشت و در بسیاری از موارد، نقش رابط بین حکومت‌های وقت و علمای بزرگ مانند آیت الله بروجردی و دیگران را ایفا می‌کرد. آیت الله سیدمحمد بهبهانی سرانجام در بیستم آبان 1342 ش در 92 سالگی در تهران در گذشت و پس از تشییعی باشکوه، در نجف اشرف به خاک سپرده شد.