در زمانی که سالیانی از تبعید حضرت امام خمینی ره به نجف اشرف می‌گذشت و اختناق حاکم بر کشور اجازه فعالیتی علیه رژیم پهلوی را به کسی نمی‌داد، آیت الله دکتر محمد مفتح از روحانیان شاخص و مبارز پیرو امام، علاوه بر فعالیت‌های پراکنده در مجامع مذهبی و علمی، امامت مسجد جاوید تهران را بر عهده گرفت. وی این مکان را به صورت محلی برای تجمع و تشکُّل نیروهای مسلمان و مبارز تبدیل کرد و آن را به سنگری دیگر در راه دفاع از ارزش‌های اسلامی و انقلابی قرار داد. دراین زمان، شهید مفتح یک هسته مقاومت را متشکل نمود و مبارزان سرشناسی از قبیل آیت الله شهید مرتضی مطهری و دکتر باهنر و... را برای سخنرانی به مسجد جاوید دعوت می‌کرد.
در این مسجد، جوانان مذهبی و نسل تحصیلکرده دانشگاهی، علاوه بر استفاده از محضر سخنرانان، از کتابخانه مجهز و پر بار آن و نیز کلاس‌های گوناگون که در رشته‌های تفسیر قرآن، نهج البلاغه، اصول عقاید، اقتصاد اسلامی، تاریخ ادیان و جامعه شناسی و... بهره می‌بردند. حضور شورانگیز و پرنشاط نسل جوان، سخنرانی‌های روشنگرانه انقلابیون، فعالیت‌های وسیع ضد رژیم و انتشار اعلامیه‌های گوناگون از این مکان، بر رژیم طاغوت گران آمد و باعث شد تا سرانجام در سوم آذر 1353شمسی، پس از سخنرانی آیت الله خامنه‌ای در آن، مسجد جاوید با هجوم مزدوران ساواک تعطیل گردد و امام جماعت آن، آیت الله شهید مفتح، دستگیر و زندانی شود.