آیت الله شیخ محمد تقی بافقی در حدود سال 1253 شمسی 1292 قمری در بافق یزد به دنیا آمد. وی پس از طی تحصیلات مقدماتی در یزد، راهی نجف اشرف گردید و از محضر درس آخوند خراسانی، سید محمد کاظم یزدی و سید احمد کربلایی استفاده‌ای وافر برد. آیت الله بافقی پس از اقامت 19 ساله در نجف، در قم اقامت گزید و به درس و بحث پرداخت. او از افرادی بود که در تهیه مقدماتِ انتقال آیت الله حاج شیخ عبدالکریم حائری یزدی به قم و تأسیس حوزه علمیه قم، تلاش بسیاری کرد و پس از تأسیس حوزه، معاونت آیت الله حائری را بر عهده گرفت.
این فقیه مبارز در جهت جلوگیری از منکرات از هیچ مصیبتی نمی‌هراسید به طوری که بر اثر مخالفت علنی با جریان کشف حجاب و ورود خانواده بی شرم و بی حجاب پهلوی به حرم حضرت معصومه (س)، در دوم فروردین 1306، توسط شخص رضاخان مورد ضرب و شتم قرار گرفت و سپس سال‌ها در شهر ری در تبعید بود. آیت الله بافقی پس از شنیدن واقعه خونین مسجد گوهرشاد مشهد توسط عمال پهلوی در تیرماه 1314، دچار سکته قلبی شد و برخی از اعضای بدنش آسیب دید. وی پس از فرار و اخراج پهلوی اول به قم بازگشت و سرانجام در 26 فروردین سال 1325 ش برابر با 12 جمادی‌الاول 1365 ق در 72 سالگی درگذشت و در حرم حضرت معصومه (س) مدفون گردید.