پس از تبعید حضرت امام خمینی ره در سیزدهم آبان 1343 ش به ترکیه، رژیم پهلوی در عصر همان روز، فرزند ارشد ایشان، حاج سید مصطفی را نیز دستگیر و روانه زندان قزل قلعه در تهران نمود. انعکاس این دو خبر، شهرهای قم، مشهد و تهران را به حالت تعطیل درآورد و در بسیاری از شهرها تظاهرات به راه افتاد. در نهایت فشار افکار عمومی و بحران سیاسی و طوفان نشأت گرفته از تبعید امام، چنان رژیم را درمانده کرد که سعی نمود به طوری، آن را آرام سازد. از این رو حاج سید مصطفی خمینی را پس از 57 روز حبس، در هشتم دی ماه 1343 از حبس، آزاد کردند و از او خواستند که بدون سروصدا به قم برگردد. اما ورود ایشان به قم، مورد استقبال پرشور مردم قرار گرفته و ملت انقلابی، ایشان را تا خانه همراهی کردند. ولی چون رژیم از این عمل سودی به دست نیاورد، پس از پنج روز به گونه‌ای وحشیانه سیدمصطفی را از خانه مسکونی دستگیر و در 13 دی ماه به ترکیه تبعید کرد.